1187的朱熹出任江(jiang)南西路提点(dian)刑狱公事(shi)，管理赣州（今赣县）、江(jiang)州（今九(jiu)江(jiang)）一带地方的司法(fa)、刑狱、监察(cha)、农事(shi)等(deng)方面的事(shi)务。不久王(wang)淮罢(ba)去，理学一时得势，朱熹更是仕途(tu)顺利。
几年后受宰相(xiang)赵汝愚推荐，当上焕章阁侍(shi)制兼侍(shi)讲，即皇帝(di)的(de)(de)(de)(de)顾问和教师。刚即位不(bu)久(jiu)的(de)(de)(de)(de)宁(ning)(ning)宗(zong)全面肯定了理学(xue)，称(cheng)朱为(wei)“儒(ru)宗(zong)”，这(zhei)反映了苟(gou)安江南的(de)(de)(de)(de)南宋(song)企图以理学(xue)加强内部团结(jie)的(de)(de)(de)(de)希望。朱熹(xi)为(wei)宁(ning)(ning)宗(zong)进讲《大学(xue)》，每逢双(shuang)日早晚(wan)进讲，但(dan)他借此机会(hui)对(dui)朝(chao)政(zheng)多有批(pi)评，终(zhong)于使宁(ning)(ning)宗(zong)不(bu)满，加以干预朝(chao)政(zheng)的(de)(de)(de)(de)罪名，被逐出朝(chao)廷(ting)。
1190年(nian)朱熹知福(fu)建漳州，时值土地(di)兼并盛行(xing)(xing)，官僚地(di)主(zhu)倚势吞并农(nong)民耕地(di)，而(er)税(shui)额没有随地(di)划归地(di)主(zhu)，至使“田税(shui)不均”，朱熹提出“经(jing)界”，即核(he)实田亩，随地(di)纳税(shui)。遭(zao)到(dao)官僚地(di)主(zhu)的强烈反对(dui)。“经(jing)界”终于未能推行(xing)(xing)，朱熹愤而(er)辞(ci)职抗议(yi)。
1193年朱熹任职于湖南，又主持修复了四大书(shu)院之一的岳麓书(shu)院。书(shu)院在南宋发展(zhan)盛行，几乎取代官学，这(zhei)种(zhong)盛况是与(yu)朱熹的提倡直接有关的。
庆元(yuan)元(yuan)年(nian)（1195年(nian)）朱熹在(zai)朝廷(ting)的(de)支持者赵(zhao)汝愚(yu)受韩胄排挤被罢相位，韩势(shi)盛极(ji)一(yi)时。韩因朱熹曾参(can)与赵(zhao)汝愚(yu)攻击自己(ji)的(de)活动(dong)，于是发动(dong)了一(yi)场(chang)抨击“理学”的(de)运动(dong)。
庆元二年(nian)（1196年(nian)）叶翥上书(shu)(shu)，要(yao)求把道(dao)学家的书(shu)(shu)“除毁”，科举取(qu)士(shi)，凡(fan)涉程(cheng)朱(zhu)义理不取(qu)。监察(cha)御史(shi)沈继(ji)祖(zu)指控朱(zhu)熹十罪(zui)，请斩(zhan)。朱(zhu)熹的得意(yi)门(men)生蔡元定被(bei)逮捕，解送道(dao)州(zhou)。一时理学威(wei)风扫地，被(bei)斥(chi)为(wei)(wei)(wei)“伪学”，朱(zhu)熹被(bei)斥(chi)为(wei)(wei)(wei)“伪师”，学生被(bei)斥(chi)为(wei)(wei)(wei)“伪徒”。宁宗一改旧(jiu)态(tai)，下(xia)诏命(ming)凡(fan)荐举为(wei)(wei)(wei)官，一律不取(qu)“伪学”之士(shi)。
庆元(yuan)六年（1200年）三月初九，朱熹终于在家里忧愤而死，享年七十一(yi)岁。临死还在修改《大学诚意章》，他(ta)矢(shi)志于树立自己的理学，然而生前终未如愿。
